Усе почалося з 6 листопада 1936 року, коли була створена Конотопська школа механiзацiї. Першим її директором став Григорій Распутний . І лише за перші два роки школа підготувала 700 бригадирів тракторних бригад, механіків-комбайнерів, трактористів та водіїв.
На той час територія навчального закладу займала понад 85 гектарів землі, мала 38 будівель різного призначення, 9 автомобілів, 7 тракторів, 5 комбайнів, сільськогосподарський реманент, токарні верстати й навіть власну електростанцію на 80 кВт.
З 15 грудня 1945 р. школу механізації було переведено в село Реутинці Кролевецького району, а на базі Конотопської школи механізації створено школу садоводів-овочівників. Директором призначили Лазаренка Івана Івановича, який пізніше працював головою колгоспу ім. Фрунзе в селі Соснівка Конотопського району. З 1947 р. по червень 1952 р. директором школи садоводів-овочівників був Маліков Леонід Іванович. Для сільського господарства тут готували садівників, овочівників та бджолярів. За період існування було випущено близько 800 спеціалістів. Після випуску 1952 р. школу садівників-овочівників було розформовано, а на базі знову організували Конотопську школу механізації сільського господарства , а з 1 сiчня 1954 р. вона перейменована в училище механізації сiльського господарства № 3. Директором призначено Синенка Павла Кузьмича.
1961 р. училище отримало назву «Конотопське сiльське професійно-технічне училище № 3». Розширився перелiк професiй, почалася підготовка спецiалiстiв за напрямком «Електромонтер сільської електрифiкацiї та зв’язку», покращено матеріально-технічну базу, збудовано новий навчальний корпус. 1976 р. училище приступило до підготовки спецiалiстiв з середньою освiтою i стало називатись «Сiльське середнє професiйно-технiчне училище № 3», а в подальшому зi змiною нумерацiй i переходом сiльських i мiських училищ у вiдомство народної освiти – СПТУ–33.
З 1 липня 2003 року ПТУ–33 реорганiзовано в Конотопський професiйний аграрний лiцей. А з 1 вересня 2008 р. назву змінено на Державний професійно-технічний навчальний заклад «Конотопський професійний аграрний ліцей».
З 2009 року керівником закладу став Андрій Водоп’янов, який багато років тому сам був учнем і сидів за партою Конотопського професійного аграрного ліцею, потім став майстром виробничого навчання, а згодом – директором.
З березня 2025 року в ДПТНЗ «Конотопський професійний аграрний ліцей» розпочав свою роботу навчально-практичний центр за професією «Тракторист-машиніст сільськогосподарського (лісогосподарського) виробництва».