Усе почалося з 6 листопада 1936 року, коли  на базi радгоспу «Залiзничник» Народного Комісаріату шляхiв сполучення була створена Конотопська школа механiзацiї. Першим її директором став Григорій Распутний .  На той час для проведення занять були використані приміщення контори радгоспу та майстерні. І лише за перші два роки школа підготувала 700 бригадирів тракторних бригад, механіків-комбайнерів, трактористів та водіїв.

У 1938 р. директором було призначено Йосипа Фесенка, який у непрості часи Великої Вітчизняної війни вступив на службу в танкові війська.

 На той час територія навчального закладу займала понад 85 гектарів землі, мала 38 будівель різного призначення, 9 автомобілів, 7 тракторів, 5 комбайнів, сільськогосподарський реманент,  токарні  верстати  й  навіть  власну  електростанцію  на   80  кВт.

 Цілих п′ять років розширювали та удосконалювали школу механізації, докладали неймовірних зусиль, жили мріями й сподіваннями… аж раптом – війна. Після складних боїв у районi хутора Таранське радянські вiйська були змушені відступити. До 9  вересня 1941р. була окупована вся територiя Конотопського району, у тому числi й школи механiзацiї. Усього за 2 роки було спалено 12 будівель, у яких згорiла бiльша частина майна. Три з половиною роки забуття лягли в історію ліцею сірими порожніми аркушами…

Заняття в школi розпочалися лише 1 березня 1944 р. у двох бараках та деяких будовах, що вцiлiли. У цих винятково складних умовах, коли ще не закінчилась вiйна, стоячи на руїнах школи, її колектив приступив до приведення в належний стан учбових та допомiжних примiщень, розпочав ремонт та відновлення технiки, що iснувала для того, щоб забезпечити нормальну підготовку механізаторських кадрiв. З 1 березня 1944 р. Директором школи булопризначено Олександра Дроб′язка.

З 15 грудня 1945 р. школу механізації було переведено в село Реутинці Кролевецького району, а на базі Конотопської школи механізації створено школу садоводів-овочівників. Директором призначили Лазаренка Івана Івановича, який пізніше працював головою колгоспу ім. Фрунзе в селі Соснівка Конотопського району. З 1947 р. по червень 1952 р. директором школи садоводів-овочівників був Маліков Леонід Іванович. Для сільського господарства тут готували садівників, овочівників та бджолярів. За період існування було випущено близько 800 спеціалістів. Після випуску 1952 р. школу садівників-овочівників було розформовано, а на базі знову організували Конотопську школу механізації сільського господарства.

З 6 червня 1952 р. по грудень 1953 р. на базі школи садівників-овочівників знову булла організована  школа  сільськогого сподарства, а з 1 сiчня 1954 р. вона перейменована в училище механізації сiльського господарства № 3. Директором призначено Синенка Павла Кузьмича. Починаючи з травня 1954 р. частину випускників було направлено на роботyв Казахстан на освоєння цiлинних земель, і одночасно там же учні почали проходити виробничу практику.

1961 р. училище отримало назву «Конотопське сiльське професійно-технічне училище № 3». Розширився перелiк професiй, почалася підготовка спецiалiстiв за напрямком «Електромонтер сільської електрифiкацiї та зв’язку», покращено матеріально-технічну базу, збудовано новий навчальний корпус. 1976 р. училище приступило до підготовки спецiалiстiв з середньою освiтою i стало називатись «Сiльське середнє професiйно-технiчне училище № 3», а в подальшому зi змiною нумерацiй i переходом сiльських i мiських училищ у вiдомство народної освiти – СПТУ–33.

З 1 липня 2003 року ПТУ–33 реорганiзовано в Конотопський професiйний аграрний лiцей. А з 1 вересня 2008 р. назву змінено на Державний професійно-технічний навчальний заклад «Конотопський професійний аграрний ліцей».

З 2009 року керівником закладу  став Андрій Водоп’янов, який багато років тому сам був учнем і сидів за партою Конотопського професійного аграрного ліцею, потім став майстром виробничого навчання, а згодом – директором.